Ενότητα 1

ΠΕ1: Περιβαλλοντική Γενετική – Γονιδιωματική

Οι αυξημένες ανθρωπογενείς πιέσεις και η κλιματική κρίση έχουν επιφέρει μεγάλες και ανησυχητικές αλλαγές στη λειτουργία των θαλάσσιων οικοσυστημάτων και των υπηρεσιών που προσφέρουν. Ως εκ τούτου, η ποιοτικότερη και σε τρέχοντα χρόνο παραγωγή γνώσης που αφορά στην πολυπλοκότητα των συστημάτων αυτών κρίνεται επιτακτική. Το παρόν αποκρίνεται στην ανάγκη αυτή βελτιώνοντας μια ολιστική προσέγγιση μελέτης και ερμηνείας της θαλάσσιας βιοποικιλότητας σε τρεις κατευθυντήριες γραμμές. Η πρώτη αφορά στην κλιματική κρίση σε συνέχεια των άμεσων ανθρωπογενών παρεμβάσεων (όπως αυτή της διώρυγας του Σουέζ ,1869), που ευνόησαν την εισβολή ειδών της Ερυθράς Θάλασσας στη Μεσόγειο (Λεσσεψιανή μετανάστευση) και τη μετατόπιση της ισορροπίας των οικοσυστημάτων της ευρύτερης περιοχής. Η προσέγγιση γίνεται με την εφαρμογή μεθόδων πληθυσμιακής και συγκριτικής γονιδιωματικής. Η δεύτερη αφορά στις επιδράσεις της κλιματικής κρίσης σε οργανισμούς δείκτες (θαλάσσια μαλάκια) οι οποίες διερευνώνται τόσο σε φυσικές όσο και σε πειραματικές συνθήκες με μεθόδους βραχυχρόνιας αλλά και μακροχρόνιας απόκρισης (μέθοδοι μικρο-τομογραφίας, επιγενετικών μηχανισμών και γονιδιωματικής τοπίου αντίστοιχα). Η τρίτη, αφορά τη βελτίωση της πρόσβασηςστο βενθικό διαχωριστικό στρώμα της ηπειρωτικής υφαλοκρηπίδας με νέες δειγματοληπτικές μεθόδους. Παράλληλα η χρήση τόσο κλασσικών όσο και μεθόδων γονιδιωματικής (DNA barcoding/ metabarcoding) για τη μελέτη της βιοποικιλότητας και η διερεύνηση των φυσικών και βιογεωχημικών παραμέτρων, δίνουν μια πιο ολοκληρωμένη προσέγγιση για την αλληλεπίδραση του βένθους και της στήλης νερού μέσα από τη διαχωριστική επιφάνεια νερού-ιζήματος.

Στόχοι υποενότητας 1.1 (ΠΕ1.1)

  •       Η μελέτη σε επίπεδο γονιδιώματος λεσσεψιανών μεταναστών για την κατανόηση των εξελικτικών διεργασιών που λαμβάνουν χώρα κατά την εισβολή.
  •       Η μελέτη σε επίπεδο γονιδιώματος του μαγιάτικου, ενός από τα νέα ψάρια ιχθυοκαλλιεργειών με ραγδαία ανάπτυξη και η δημιουργία μιας βάσης δεδομένων διαθέσιμης για μελλοντικές εφαρμογές γενετικής βελτίωσης του είδους.

 

Στόχοι υποενότητας 1.2 (ΠΕ1.2)

  •       Συγκριτική μορφολογία με τη χρήση micro-CT ασβεστολιθικών δομών σε θαλάσσια μαλάκια μετά την υποβολή τους σε διαφορετικές πειραματικές συνθήκες (μειωμένο pH και αυξημένη θερμοκρασία), σύμφωνα με τα σενάρια κλιματικής αλλαγής.
  •   Διερεύνηση της επιγενωμικής επίδρασης μικρών RNA (small or microRNAs) σε άτομα ενός είδους θαλάσσιου μαλάκιου που έχουν υποστεί μεταβολές θερμοκρασίας και pH.
  •   Μελέτη της γονιδιωματικής του θαλάσσιου τοπίου ενός είδους θαλάσσιου μαλακίου, με τη συσχέτιση γενωμικών προτύπων με περιβαλλοντικές παραμέτρους και περιγραφή του βαθμού επικοινωνίας (connectivity) μεταξύ περιοχών, των παραμέτρων που την επηρεάζουν και της προσαρμοστικότητας των πληθυσμών στις μεταβολές.

 

Στόχοι υποενότητας 1.3 (ΠΕ1.3)

  •       Η διερεύνηση της ποικιλότητας του βενθικού διαχωριστικού στρώματος της ηπειρωτικής υφαλοκρηπίδας του κόλπου του Ηρακλείου με χρήση μιας νέας μεθόδου βενθικής δειγματοληψίας με τη μετασκευή ενός υπερβενθικού ελκήθρου με στόχο την προσομοίωση της «φυσικής» επαναιώρησης των επιφανειακών ιζημάτων και οργανικών συστατικών σε αυτό. Η εκτίμηση της ποικιλότητας θα γίνει με χρήση κλασικών μεθόδων ταξινομίας και μελέτης βιοκοινοτήτων και με σύγχρονες τεχνικές γονιδιωματικής, ενώ παράλληλα θα γίνει μελέτη των μεταβολών των φυσικών και βιογεωχημικών παραμέτρων.